Существует много версий и историй о возникновении искусства ниндзюцу, и каждый трактуетих по своему. К сожалению, сведения о ниндзя во многих книгах, романах и историях, а тем более кинофильмах изображены неверно. Кровожадные убийцы, лишённые элементарной человеческой морали, да ещё и их непонятные ритуалы, которые создал "Голливуд" - всё это полностью отделяет нас от истинного понятия этого древнего боевого искусства. Настоящее искусство ниндзюцу, как свидетельствуют историки - востоковеды, зародилось более чем 800 лет тому назад. Истоки искусства ниндзюцу идут из Индии, Китая и Тибета. Именно в Тибете развивались все эзотерические учения, а также магия, которую ниндзя переняли у странствующих монахов, а из Китая к ним попали религиозные учения Будизм и Даосизм. Из Индии в ниндзюцу пришли "Мудры(Кудзи)" - тайные символы, создаваемые кистями рук и пальцев. "Мудры" были увековечены великим учителем Бхарата Натьяшастрой в Индии в 1 вв. до н. э. в своём произведении "Абхинайя-дарпана ". Ещё в 481 - 221 гг. до н. э. китайский военно-начальник и великий философ Сунь-Цзы написал трактат "О военном искусстве", в котором целая глава посвящена использованию шпионов. В 7 веке до н. э. принц Сётоку Тайси впервые использовал шпиона в борьбе против могущественного феодала за провинцию Оми. Тогда же и появился термин "Синоби" или "Нин" (два этих слова пишутся одинаковым иероглифом, и переводятся как "невидимый" или "терпеливый"). Данные исторические факты показывают, что искусство воинов - невидимок было известно в феодальной Японии уже задолго до периода его рассвета - периода Камакура (1192 - 1333 гг.). В то время многие самураи были изгнаны из дворца и нашли себе убежище в горных провинциях Ига и Кога. Клан Кога состоял из 53 семей, которые вероятно объединились в период Тэнкйо. Это уже было после войны Мотидзуки Сабуро Камеие против Тайра Но Масакадо, в результате которой он получил немного земли с Юго-Востка провинции Омо. Область была названа Кога-Гун, после чего Мотидзуки изменил имя на Кога Они Но Ками Камеие. Его сын был талантливым в военном деле, философии в литературе. Он и считается основателем Кога-рю. Всему его обучил монах-буддист Татсумаки Хоши, который жил в их области.
Традиции и техники клана Кога сохранялись семь поколений Они Но Ками, прежде, чем стали распространяться между другими семействами: Угаи, Наики и Акутагава. После 1395 года самыми известными семейными школами клана Кога стали: Кога-рю, Таро-рю, Отомо-рю, Шинпи-рю, Куруя-рю, Тайра-рю, Томо-рю, Фудживара-рю, Бьяку-рю, Тачибана Хачи Тэнгу-рю , а восемь основных семей клана: Кога, Мотидзуки, Угаи, Наики и Акутагава, Уэно и Нагано. Самыми сильными группами ниндзя клана Кога обладали семьи Хиругуми, Кауругуми, Тачибана Хачитенгу, Гуми и Кавачи Йон Тенгу Гуми.
Вначале Ронины (самураи без хозяина) постоянно пополняли кланы ниндзя, но постепенно подобные горные общины переросли в полностью закрытые организации, где искусство ниндзя передавалось по принципу семейных школ, т. е. от отца к сыну. Со временем искусство "Воинов-невидимок" всё больше и больше завоёвывало уважение виртуозных военных специалистов того времени.
Во главе каждого клана стоял "Дзёнин". Его место обычно занимали только члены клана, создавшего данную организацию. "Дзёнину", как правило, подчинялись группы "Тюнинов" - военноначальников среднего звена, отвечавших за выполнение приказов "Дзёнина". Группе "Тюнинов" подчинялись "Генины" - агенты-ниндзя, руками которых осуществлялась вся черновая работа.
С 1467 года ниндзя получили признание от сёгуна Асикага Есимицу, а один из крупнейших феодалов Такеда Синген, пытавшись объединить Японию в единое государство имел целый отряд ниндзя из клана Кога в своём распоряжении. После его смерти, Ода Нобунага, человек, на жизнь которого не раз покушались клановые общины Кога и Ига, в связи с этим решил покончить с ниндзя и направил в провинцию Ига свой отряд. Ему удалось разгромить отряд ниндзя, многие из которых были схвачены и казнены, а оставшиеся разбрелись по стране. После убийства Нобунага его же людьми в 1590 году в опасности оказался будущий сёгун Токугава. Поддержку и спасение ему обеспечил легендарный ниндзя - Дзёнин Хаттори Ханзо, ставший в последствии главой его секретной службы. Династия Токугава правила Японией более 200 лет, но поняв, какая опасность исходит от ниндзя, Токугава запретил практиковать ниндзюцу . Чтобы спасти технику и передать её потомкам, один из мастеров этого искусства в 1676 году составил энциклопедию, в которой описал различные техники, которые изучались кланами Кога и Ига, сохранив этим знания его традиций.